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2004年10月23日に海浜かもめ個人の創作少年漫画サークル「海鴎画苑」として設立．同日に初の会誌も発行し大学の学園祭にて頒布．
2005年にはコミックマーケット(以下コミケ)へのサークル参加の申込みを開始するも夏冬とも落選．このため，他のイベントへの参加を模索しCOMITIAに参加する方針を決定する．
2005年12月2日にサークル名を現在の「Atelier Clutch」に変更し鉄道部門を新設．その後鉄道系同人誌「Clutch Station」を創刊．
2006年2月のCOMITIA75で初のイベント参加を果たすと「Clutch
Station」は予期せぬ好評となった．以後鉄道部門がメインとなり創作少年漫画部門は廃れていった．
2006年8月には創作少年漫画サークルとしてコミケへの初参加を果たす．しかし新刊の売行きはいまいち．コミケ後，創作少年漫画部門は廃止されAtelier Clutchは鉄道系同人サークルとなる．
2006年12月には鉄道サークルとしてコミケ参加を果たし新刊・既刊合わせた売上は1回のイベントとしては初めて50部を突破．また，2007年には初の年5回新刊発行を達成．
その一方で，2007年にはCOMITIAでの売上が低迷し，これを機に他のイベントへの参加を模索．2008年5月にLittle “T”
Star!(公共交通・旅行系オンリー)，同年6月にサンシャインクリエイションにそれぞれ初のサークル参加を果たす．いずれも50部以上の売上を達成．また，同年8月のコミックマーケット74では新刊・既刊を合わせて過去最高の100部売上を達成．2008年は同人誌即売会に初めて年7回サークル参加，ならびに初の年間400部売上を達成．
2009年8月のCOMITIA89では初のオフセット本会誌となる「気ままに鉄旅日記」を創刊．また，会誌累計売上部数が1,000部を突破した．同年12月のコミックマーケット77では2度目の100部売上を達成．2009年には初めて年7種類の新刊を発行した．
2010年10月には鉄娘でGO!(鉄道擬人化・鉄道関連総合同人誌即売会)へ初のサークル参加を果たす．2010年は同人誌即売会に初めて年11回サークル参加を達成し，初めて年8種類の新刊を発行した．
2011年2月のサンシャインクリエイション50にて会誌累計売上部数が1,500部を突破した．また，同月にCOMIC ZINにて初の書店委託販売を開始した．同年5月にCOMIC1，同年11月にコミッククリエイションへ初のサークル参加を果たす．2011年は同人誌即売会に初めて年13回サークル参加を達成した．
2012年4月のCOMIC1☆6にて会誌累計売上部数が2,000部を突破した．また，同月に，とらのあなにて書店委託販売を開始した(とらのあなでの委託販売は2013年8月で終了)．
2013年6月にDiGiket.comにて初のDL販売を開始した．また，同年9月に，こみっく☆トレジャーへ初のサークル参加を果たす．関西の同人誌即売会へのサークル参加はこれが初めてとなる．
2011年12月〜2014年1月の会誌の売上の一部を，東日本大震災で被災した三陸鉄道への義援金として寄附．これまでの累計寄付金額は52,850円となった．
2014年3月に，そうさく畑収穫祭へ初のサークル参加を果たす．2014年7月にはDLsite.comにてDL販売を開始した．2014年10月には関西コミティアへ初のサークル参加を果たす．2014年は同人誌即売会に初めて年17回サークル参加を達成した．
2015年1月のこみっく☆トレジャー25にてDL販売を含めた会誌累計売上部数が3,000部を突破した(DL販売を除いた累計売上部数は2015年3月に3,000部を突破)．2015年3月にコミケットスペシャルへ，2015年4月にのりものターミナルへ，2015年6月にとら祭りへそれぞれ初のサークル参加を果たす．また，2015年6月のとら祭りへの参加で同人誌即売会への累計サークル参加回数が100回に到達した．
2016年には当サークル史上初となる年9回新刊発行を達成した．2017年1月のこみっく☆トレジャー29にて，関西の同人誌即売会では初めて売上部数が20部を突破した．また，2016年7月から2017年2月にかけて，当サークル史上初となる8か月連続新刊発行を達成した．2017年には当サークル史上初となる年10回新刊発行を達成した．
2018年3月から，Melonbooksにて書店委託販売を開始した．また，2018年6月から，BOOK☆WALKERにて電子書籍販売を開始した．
2017年8月から2018年6月にかけて，当サークル史上初となる11か月連続新刊発行を達成した．2018年9月のこみっく☆トレジャー32にて電子書籍を含めた会誌累計売上部数が4,000部を突破した．
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